В ответ на:

Попробуйте для сторонних карт создать другую папку в корне SD-карты...



Так и сделал, атлас создается мгновенно (вручную), индексироваться не бросается, но и поиск не работает. С родной картой без проблем. Ладно, фиг с ним.
Информация для пользователей mapdv: обновлены атласы.